En agosto de 2003 el gobierno del Estado de Tabasco, con el apoyo del Gobierno Federal inició los trabajos de creación de la Universidad Tecnológica del Usumacinta, siendo la segunda Universidad Tecnológica en el Estado de Tabasco.
La Secretaría de Educación del Gobierno del Estado, realizó las gestiones ante la Coordinación General de Universidades Tecnológicas (CGUT) de la Secretaría de Educación Pública (SEP). Para contar con mayores elementos que justificaran la creación de dicha institución, fue necesario realizar un estudio de factibilidad que incluyó el estudio de mercado laboral, estudio de oferta y demanda educativa, estudios socioeconómicos y de expectativas educativas, mismos que fueron realizados en la Región de los Ríos del Estado de Tabasco.Como resultados del estudio de mercado laboral y sobre las propuestas de carreras, se detectaron las necesidades específicas de las empresas de la región, y con esto se opto por abrir las carreras de Técnico Superior Universitario en: Procesos Agroindustriales, Biotecnología y Comercialización.
En noviembre de 2005 la Universidad Tecnológica del Usumacinta se certifica en el Sistema de Gestión de Calidad para los procesos educativos de Gestión de Recursos, Educación Continua y Servicios Tecnológicos. Es la tercera Universidad en el Estado que logró la certificación en estos procesos y la UT más joven en conseguirlo. En septiembre del 2006 se apertura la carrera de Técnico Superior Universitario en Turismo como parte de las necesidades del sector productivo de la región. Así mismo, en este mismo año la UTU fue GANADORA del “III PREMIO IBEROAMERICANO A LA EXCELENCIA EDUCATIVA 2006”, el cual fue otorgado por el Consejo Iberoamericano, en Buenos Aires Argentina. Posteriormente en septiembre del 2008 se apertura la carrera de Técnico Superior Universitario en Tecnologías de la Información y Comunicación, como parte de las exigencias del sector productivo. A lo largo del tiempo la Universidad Tecnológica del Usumacinta ha realizado importantes logros que coadyuvan en la formación profesional de nuestros alumnos. En el año de 2009, cuatro de los Programas Educativos que oferta la UTU (Procesos Agroindustriales, Biotecnología, Comercialización y Turismo) se sometieron a la evaluación diagnóstica por parte de los Comités Interinstitucionales para la Evaluación de la Educación Superior (CIEES) alcanzando el nivel 1, para el caso de la carrera de TIC’s ésta aún no ha sido evaluada, debido a que su primera generación se encuentra próxima a egresar. Este logro, nos benefició enormemente ya que gracias a el, nos fue posible ofertar la continuidad de estudios a nuestros egresados a través de las ingenierías y licenciaturas.
Por ello, en Septiembre de 2009, se inicia la continuidad de estudios nivel 5A para egresados de Técnico Superior Universitario, con las carreras de Licenciatura en Turismo, Ingeniería en Procesos Alimentarios, Ingeniería en Procesos Biotecnológicos y la Ingeniería en Negocios y Gestión Empresarial, como una opción más de educación, corroborando con ello el interés de esta casa de estudios por satisfacer las necesidades y demandas de la región y el estado en general. A finales del año 2009 la Universidad Tecnológica del Usumacinta recibió el Reconocimiento: SEP a la Calidad, ubicándonos dentro de las 49 Instituciones de Educación Superior Tecnológicas reconocidas por la SEP por su excelente Calidad Académica.
En septiembre del 2010 se da un cambio de nomenclatura en las siguientes carreras:
TSU en Biotecnología a TSU en Química área: Biotecnología.
TSU en Procesos Agroindustriales a TSU en Procesos Alimentarios.
TSU en Turismo a TSU en Turismo área Hotelería.
Y se apertura la Ingeniería en Procesos Alimentarios y TSU en Energías Renovables. En ese mismo año se amplía nuevamente la oferta educativa de la Universidad con la apertura a nivel Licenciatura de la siguiente carrera: Ingeniería en Tecnologías de la Información y Comunicación.
En Septiembre del 2011 se apertura la carrera de: TSU en Paramédico. En el 2012 el egreso de 2 generaciones a nivel Licenciatura e Ingeniería, resaltando la entrega del Título y Cédula Profesional de la Segunda Generación siendo la UT del Usumacinta la primera a nivel Subsistema de Universidades Tecnológicas y en el Estado de Tabasco en hacer entrega de los mismos en una Graduación.
En el 2013 se obtiene la Recertificación en la Norma de Calidad ISO 9001:2008 con la Casa Certificadora Royal Cert Internacional Registrars de México S.C.
